Успех при выращивании Бонсай в первую очередь зависит от правильного полива.
Дерево в природе получает воду из почвы постоянно. Бонсай в контейнере требует, чтобы грунт в нем всегда был достаточно влажным. Стабильную влажность почвы можно достичь путем частого (2-3 раза в день) полива, но небольшими порциями.
Однако такой метод требует больших затрат времени, поэтому в большинстве случаев не реален. Необходимость полива определяют по внешнему виду растений, поверхности почвы, а также пробуют почву пальцем или оценивают уменьшение веса контейнера, взвешивая его на ладони. Необходимо найти собственные приемы для своих растений, выявляющие сроки, периодичность и норму полива, учитывая основное правило: смачивать почву следует до того, как высохнет верхний слой.
Летом в сухую, жаркую или ветреную погоду бонсай обычно поливают дважды в день (рано утром или вечером). Если погода не очень сухая и жаркая, то один раз в день.
Зимой или в холодную, влажную погоду дерево менее активно и испарение с поверхности почвы замедленно. Поэтому поливают один раз в день, если почва не замерзла и температура положительная.
Листопадные виды бонсай летом нуждаются в большем количестве воды, чем вечнозеленые, хвойные, имеющие специализированные листья, лучше сохраняющие влагу. Зимой наоборот листопадные потребляют меньше воды, чем хвойные, которые продолжают, хотя и медленно, расти. Сосны сравнительно безболезненно переносят недостаток воды в почве, тогда как крупнолистные листопадные, особенно в жаркую погоду, нуждаются в обильном и частом поливе.
Более удобно полив осуществлять путем погружения контейнера в сосуд с водой, так, чтобы вода покрыла поверхность почвы. При этом не размывается ком почвы и грунт пропитывается более равномерно и полностью. Тогда как при поливе сверху, в случае высыхания верхнего слоя, полив затруднен, так как вода может скатываться, не смачивая почву. Держать контейнер в сосуде с водой длительное время не следует, так как может пострадать корневая система. Только некоторые растения, (например, болотный кипарис), не страдают от продолжительного нахождения корней в воде и переувлажнения почвы.
Для полива можно использовать воду из водоемов, дождевую или водопроводную воду. Водопроводная вода содержит слишком много кальция и хлоридов. Она должна быть выдержана сутки при комнатной температуре, чтобы испарились хлориды.
Кроме увлажнения почвы в контейнере рекомендуется периодически опрыскивать крону растения водой. Этот прием не только очищает листья растения от пыли, но и увлажняет воздух, что особенно важно делать как можно чаще для поддержания мохового покрытия в контейнере. Однако следует не допускать переувлажнения почвы при частых опрыскиваниях. Не рекомендуется опрыскивать растение при ярком и жарком солнце.